Ezek nehéz idők. A moszkvai város régi raktárának területén egy "Illyics tanúi" nevű vallási szekta működik. A notórius fanatikus Bonch-Brujevics vezetésével az a céljuk, hogy sugárzástámadást hajtsanak végre Moszkva ellen és megdöntsék az alkotmányos rendet. A GRU különleges erők parancsnokaként azt a feladatot kaptad, hogy egyszer s mindenkorra tisztítsd meg ezeket a halálos börtönöket, és iktass ki minden nemkívánatos bűnöző elemet. Állj büszke katonának, és vezesd előre a csapatodat, útközben új fegyvereket szedve fel. A régi metró számos zugot és átjárót rejt, némelyik rejt rejtekhelyeket és egyéb meglepetéseket.